در نظام سلامت ایران با وجود سازماندهی نسبتاً مناسب، بخشی از خدمات بهداشتی به دلیل عدم اجرای نظام ارجاع و برنامه پزشکی خانواده به طور پیوسته و مستمر ارائه خدمت نمی‌کند و به همین جهت، مردم و بیماران در دریافت خدمات دچار سردرگمی هستند.
وجود مسائل متعدد در نظام ارائه خدمت کشور، توجه دولت‌های مختلف را به «پزشکی خانواده» به عنوان یکی از سیاست‌های اصلاحی نظام سلامت معطوف کرده‌است. بعد از گذشت بیش از دو دهه و با وجود اجرای برنامه‌ها و نسخه‌های پراکنده پزشکی خانواده از سوی سازمان‌های مختلف و نیز تکرار این تکلیف قانونی در برنامه‌های توسعه، همچنان در مواجهه با نقاط قوت و ضعف آن ارزیابی جامع و کافی خصوصا جهت گسترش برنامه به کل کشور وجود ندارد. این مطالعه با هدف شناسایی مسائل پیش‌آزمایی نسخه شهری پزشکی خانواده در استان‌های فارس و مازندران، ضمن طبقه‌بندی و احصای مهم‌ترین مسائل، راهکارهای ارتقای وضعیت موجود را به ویژه برای استفاده سیاست‌گذاران و مجریان جهت گسترش این برنامه به کل شهرهای کشور ارائه کرده‌است.
مبتنی بر یافته‌های این مطالعه، مسائل شناسایی‌شده براساس مهم‌ترین نقش‌آفرینان این طرح براساس حوزه‌های الف) مدیریت منابع انسانی شامل نظام جبران خدمت، جذب، استخدام و بکارگیری، آموزش، ارزیابی و مدیریت عملکرد، شرح شغل و بسته خدمات؛ ب) زیرساخت‌ها و پشتیبانی برنامه پزشکی خانواده شامل ساختار و تشکیلات اجرای طرح، فناوری‌های اطلاعات و ارتباطات، و تامین بودجه و منابع مالی؛ و ج) آگاهی بخشی و جلب مشارکت عمومی طبقه‌بندی شده‌است. وجود مسائل متعدد در لایه‌های مختلف باعث شده که طرح پزشکی خانواده و نظام ارجاع آن طور که باید به اهداف خود در ارتقای سلامت نرسد.
بررسی‌ها نشان می‌دهد اگرچه در هنگام شروع نسخه شهری پزشکی خانواده در سال ۱۳۹۱، مبلغ سرانه کافی بوده اما پس از گذشت چند سال به دلیل عدم رشد سرانه متناسب با تورم، دیگر صرفه اقتصادی نداشته و حتی حقوق مراقبین سلامت –به عنوان بخشی از دریافتی پزشک خانواده- کمتر از حداقل حقوق مصوب کشور در سال ۱۴۰۲ بوده‌است. از سویی دیگر، تعدد مسئولیت‌های تعریف‌شده برای پزشک خانواده، کسورات سازمان‌های بیمه‌گر، فقدان امنیت شغلی و آموزش پزشکی درمان‌محور و تخصص‌محور، از جمله مؤلفه‌های موثر بر کاهش جذب یا ماندگاری پزشکان خانواده بوده‌است. به علاوه تمرکز عمده مشوق‌های موجود در طرح بر سطح اول خدمات و توجه کمتر به سطوح بالاتر باعث خروج پیش‌بینی‌نشده برخی پزشکان سطوح تخصصی از برنامه بوده‌است.
از مقدمات پشتیبانی طرح پزشکی خانواده، هماهنگی در لایه‌های تشکیلاتی ستادی و اجرایی است، که چه در طراحی و چه در اجرا دچار نقص‌هایی بوده‌است. از زمان تصویب طرح تاکنون تنها یک جلسه «ستاد ملی برنامه پزشک خانواده» با حضور رئیس‌جمهور وقت برگزار شده که منجر به تصویب سند ۰۲ در سطح هیئت‌وزیران شده‌است. همچنین در زمینه تامین مالی، بررسی قوانین بودجه سنواتی حاکی از آن است که ردیف بودجه مربوط به پزشکی خانواده و نظام ارجاع نوسانات بسیاری در سال‌های گذشته داشته و کمتر از برآوردها برای گسترش و حتی حفظ وضعیت موجود پزشکی خانواده در سال‌های مورد نظر بوده‌است.
یکپارچه نبودن و عملکرد جزیره‌ای سامانه‌های مختلف حوزه سلامت -که رکن مهم در تامین اطلاعات یکپارچه برای ارزیابی و پایش به شمار می‌روند- دلیلی بر فراهم نبودن بستر مناسب برای ارزیابی برنامه بوده که کاربرپسند نبودن، غیرمفید و غیر‌کاربردی بودن اطلاعات و قطعی مکرر سامانه‌ها هم بر چالش‌های مربوط به ارزیابی و پایش برنامه افزوده است.
همچنین با وجود اهمیت آگاهی‌بخشی و توجیه ذینفعان در زمینه پزشکی خانواده، به حضور نهادهای مربوط به آگاهی بخشی در ستادهای مربوطه توجه کافی نشده است. براساس شواهد، عملکرد ضعیف در این زمینه باعث شده تا آگاهی عمومی نسبت به برنامه پزشکی خانواده شهری پایین یا متوسط بوده و به مانعی برای مشارکت عمومی تبدیل شود.
