رفع بسیاری از منازعات بین مردم و دولت در بخش کشاورزی و منابع طبیعی وابسته به تعیین تکلیف کاربری و مالکیت اراضی است.
بسیاری از منازعاتی که در خصوص اراضی کشور از جمله زمین‌های کشاورزی، منابع طبیعی زمین شهری وجود دارد ناشی از دو مسأله است؛ یکی ابهام در کاربری اراضی و دیگری ابهام در مالکیت اراضی است. کاربری شامل نوع مجموعه اقداماتی است که بر روی یک عرصه زمین متناسب با شرایط و اقلیم انجام می شود. قاعدتاً هر زمینی باتوجه به ارزش اقتصادی و اقلیمی خاص آن برای کاربری خاصی دارای اولویت است. همان طور که در زمین شوره زار امکان کشاورزی وجود ندارد، شخم زدن مراتع جنگلی که دارای گونه های خاص گیاهی است موجب نابودی آن گونه‌های خاص است. از این جهت تعیین وضعیت کاربری اراضی کشور بسیاری ضروری است و به تأخیر افتادن آن، این موضوع را پیچیده‌تر خواهد کرد.
متأسفانه مشخص نشدن کاربری اراضی تعارضات حقوقی بسیاری را ایجاد کرده است. به عنوان مثال تعرض به اراضی مرتعی و شخم زدن آن منجر به دعاوی متعدد بین مرتع داران و کشاورزان در شعب قضایی شده و به داستانی غم انگیز بدل شده است. حتی مرتع‌دارانی که دارای طرح مرتع‌داری هستند و اسناد حقوقی و محضری آن ثبت شده است، با این مواجه هستند که افراد سودجو با سوءاستفاده از خلأهای حقوقی و قانونی در نهایت برخی اراضی را به نام خود ثبت می کنند. متأسفانه یکسان نبودن رویه‌های قضایی در این داستان مؤثر بوده و برخوردهای ناعادلانه ای صورت گرفته است. باوجود اینکه برخی از بهره‌برداران طرح مرتع‌داری به نام خود ثبت کرده‌اند، مشاهده می‌شود که به راحتی اراضی منابع طبیعی مورد تخریب قرار گرفته که از دستشان خارج شده است. با وجود اینکه جرائمی از جمله زمین‌خواری و تغییر کاربری جزء مهمترین اقدامات غیرقانونی است، ولی به سادگی با آن روبرو شده و برخورد جدی صورت نگرفته است. در خصوص ایل‌راه ها نیز که حریم عرفی عشایر است با وجود اینکه تغییر کاربری آن غیرقانونی بوده است، دخل و تصرف های زیادی صورت گرفته است.
پس از مسأله کاربری، بحث مالکیت در اراضی و منابع طبیعی منشأ بسیاری از مسائل و اختلافات است. آنچه که در ماده اول قانون ملی شدن سال۴۱ به تصویب رسید ضمن اینکه حق تصدی را از بهره‌برداران سلب کرد و زمینه اختلاف بسیاری بین بهره‌برداران و دولت ایجاد نمود، نظارت همه جانبه بهره‌برداران بر اراضی را منتفی نمود. در واقع دولت در حالی خود را مالک و متصدی منابع طبیعی می داند که از ظرفیت لازم برای نظارت و حفاظت برخوردار نیست. این قانون زمینه‌ساز بسیاری از اقدامات سودجویانه و زمین خواری‌هاست. به این صورت که با تبصره‌هایی که بر مواد قانونی اضافه شده است، نهاد مالکیت و کاربری آن دست‌خوش سلیقه و خواست افراد شده است و از استحکام کافی برخوردار نیست. برای تعیین تکلیف مالکیت و ثبت اراضی، یکی از طرح هایی که مدت‌هاست در دست اجرا قرار دارد، طرح کاداستر برای ثبت اراضی کشور است. متأسفانه این طرح با سرعت کمی پیش رفته و هنوز نهایی نشده است.
آنچه که پس از تعیین کاربری مشخص می شود، اولویت بهره‌برداران عرفی در بهره‌برداری طبق کاربری اراضی است. مراجعه به مناسبات عرفی یعنی سابقه بهره‌برداران محلی که سال ها از اراضی برای کشاورزی یا مرتع‌داری استفاده کرده‌اند حق اولویت را برای ذی‌نفعان اصلی مشخص می کند. این نمودهای عرفی که در قالب اسناد دست‌نویس و حتی مشاهدات و افواه مردم محلی که مورد اجماع است، باید به سرعت به اسناد رسمی و قانونی تبدیل شود تا تعارضات به حداقل برسد. همان‌طور که اشاره شد بخشی از این تعارضات ناشی از اشکال در قانون‌گذاری در بخش کشاورزی و منابع طبیعی است و بخشی ناشی از ناهماهنگی‌های ساختاری است. از این جهت اصلاح اساسی مسائل این بخش با بازطراحی قانون جامع منابع طبیعی و بازمهندسی ساختارهای مرتبط در بخش منابع طبیعی محقق خواهد شد.
