آیت الله خامنهای در 30 خرداد، به علت این مرگ مشکوک، تحّصن میکنند. پنجم تیر در منزل استاد محمدتقی شریعتی به منظور ابراز همدردی با ایشان حاضر میشوند و ششم تیر در مسجد کرامت مشهد، مجلس ترحیمی برای دکتر شریعتی برگزار میکنند.
روز ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ روز درگذشت دکتر علی شریعتی است. این واقعه باعث شد تا سیل تسلیت به صورت تلگراف و نامه از سوی روشنفکران بالاخص انجمنهای اسلامی دانشگاههای آمریکا و اروپا به سوی امام خمینی رحمهالله جاری شود. تعداد تلگرافها و نامهها چنان زیاد بود که امام راحل فرصت پاسخگویی به تک تک آنها را نداشتند و لذا در مرداد سال ۵۶ نامهای به آقای دکتر ابراهیم یزدی که در آن زمان یکی از رابطین امام با دانشجویان و روشنفکران مسلمان در خارج از کشور بود، نوشتند که در نشریات مختلف چاپ گردید. نامه به شرح زیر است:
بسمه تعالى
شعبان المعظم ۹۷
جناب آقاى دکتر یزدى- ایّده اللَّه تعالى
پس از اهداى سلام، تلگرافهاى زیادى از اروپا و امریکا از طرف اتحادیه انجمنهاى اسلامى دانشجویان در اروپا و انجمنهاى اسلامى دانشجویان در امریکا از بخشهاى مختلف و از سایر برادران محترم مقیم خارج از کشور- ایّدهم اللَّه تعالى- در فقد دکتر على شریعتى واصل شد و چون جواب به تمام آنها از جهاتى میسر نیست و تفکیک صحیح نمىباشد از جنابعالى تقاضا دارم تشکر این جانب را به همه برادران محترم- ایّدهم اللَّه تعالى- ابلاغ نمایید.
اینجانب در این نفسهاى آخر عمر امیدم به طبقه جوان عموماً و دانشجویان خارج و داخل اعم از روحانى و غیره مىباشد. امید است دانشمندان و متفکران روشنضمیر مزایاى مکتب نجاتبخش اسلام که کفیل سعادت همهجانبه بشر و هادى سُبُل خیر در دنیا و آخرت و حافظ استقلال و آزادى ملتها و مربى نفوس و مکمل نقیصههاى نفسانى و روحانى و راهنماى زندگى انسانى است، براى عموم بیان کنند. مطمئن باشند با عرضه اسلام به آن طور که هست و اصلاح ابهامها و کجرویها و انحرافها که به دست بدخواهان انجام یافته، نفوس سالم بشر که از فطرت اللَّه منحرف نشده و دستخوش اغراض باطله و هوسهاى حیوانى نگردیده، یکسره به آن روى آورند و از برکات و انوار آن بهرهمند شوند. من به جوانان عزیز نوید پیروزى و نجات از دست دشمنان انسانیت و عمّال سرسپرده آنها مىدهم.
طبقه جوان روشنبین در خارج و داخل روابط خود را محکم و در زیر پرچم اسلام که تنها پرچم توحید است یکدل و یکصدا از حق انسانیت و انسانها دفاع کنند تا به خواست خداوند متعال دست اجانب از کشورهاى اسلامى قطع شود. و باید با کمال هوشیارى از عناصر مرموزى که در صدد تفرقه بین انجمنهاى اسلامى هستند و مطمئناً از عمّال اجانب هستند احتراز کنند و آنها را از جمع خود طرد نمایند. وَ اعتَصمُوا بِحَبلِ اللَّهِ جَمیعاً وَ لا تَفَرَّقُوا و السلام علیکم و علیهم و رحمه اللَّه و برکاته. (صحیفه امام، ج۳، صص: ۲۰۷ – ۲۰۸)
حضرت آیت الله خامنهای نیز در ۳۰ خرداد، به علت این مرگ مشکوک، تحّصن میکنند و مردم و دانشجویان برای عرض تسلیت خدمت ایشان میرسند. مقام معظم رهبری که آن روزها در کسوت یک سخنران انقلابی پرشور در مشهد نقشآفرینی مینمودند، پنجم تیر در منزل استاد محمدتقی شریعتی به منظور ابراز همدردی با ایشان حاضر میشوند و ششم تیر در مسجد کرامت مشهد، مجلس ترحیمی برای دکتر شریعتی برگزار میکنند.
به بهانهی درگذشت دکتر شریعتی، کتابی معرفی و پیشنهاد میگردد تا از افقی فراتر و به صورت یک جریان با این شخصیت، از منظر دوست و همراه دیرینش آیت الله خامنهای (دام ظله العالی) آشنا شویم؛ «جریان روشنفکری اسلامی در ایران». انتشارات صهبا در این اثر موجز، متن دو سخنرانی حضرت آقا در سالگرد درگذشت دکتر شریعتی را با یکدیگر مقارنه داده و نکات نغزی را ارائه کرده است.